El peligro que tienen estos alimentos es que nunca se sabe cuales van a ser las consecuencias que se tengan en nuestra salud, nuestro organismo y el medio ambiente, por la introduccion de un gen nuevo. Se ha generado discuciones debido a que no se hicieron suficientes estudios experimentales para ver los efectos que causen.

Uno de los peligros publicos es que debido a la introduccion del transgene conlleba a la produccion de nuevas proteinas que nunca han formado parte de nuestra dieta y que pueden resultar toxicas y alergenicas.